样品准备

1.蛋白运输:24小时内可以4度运输;

2.蛋白长期保存:-20℃;

3.待检测蛋白要求:蛋白量最低50ug,浓度最低要 为5ug/ul 10ul,否则同位素无法标记;

4.蛋白提取试剂要求:使用普通的组织、细胞裂解液即可,切忌不要使用二维电泳试剂提取;

5.直接提供组织或细胞,后续操作全部由邦菲生物来做,您只需要提供样本,其他试剂都无需提供。

 

 

检测仪器——AB SCIEX TripleTOF® 5600+ 系统

image001 (1)TripleTOFTM 5600系统是第一个把广泛定性探索,快速全貌解析,和高分辨率定量结合在一个单一精确质量平台的系统。新一代的Triple

 

TOFTM 5600+系统增加了创新的数据采集方法,合规性的软件,兼容离子淌度差分质谱技术,能够完成以前不可能的研究。 在日采集中,它结合了最高的检测灵敏度,高分辨率和至少5倍最佳采集速度,以及稳定的质量准确度。TripleTOFTM 5600+系统是快速评估药物代谢稳定性、药物在体内特征和最终代谢产物鉴定的理想平台。在最快采集速度条件下,用高分辨和准确质量质谱数据,完成无与伦比的蛋白质定性鉴定工作。

 

 

 

iTRAQ实验流程

 

image003-300x197 (1)

 

  1. 不同的蛋白质样品 S1、S2、S3、S4、S5、S6、S7 和 S8,首先分别进行蛋白酶水解(通常为胰蛋白酶Trypsin);
  2. 采用不同的标记对酶解片段进行标记后混合;
  3. 使用液体色谱和质谱的联用进行一级质谱;
  4. 8 个不同来源的,同一蛋白的同一个标记肽段在一级质谱上表现为一个 
峰;
  5. 对加入标记的肽段进行二级质谱,这时,平衡基团从报告基团上脱落;
  6. 二级质谱后,报告基团在二级质谱低质量区域产生8个报告离子信号:113、114、115、116、117、118、119 和 121,其强度分别代表 8 个标记的样品的同一个肽段;
  7. 报告离子的峰面积比值就是同一蛋白质同一肽段在不同样品间的比值;

(1)所得到的一级质谱图(MS):

image0051-300x120 (1)
(2)对一级质谱图的每个峰进行二级质谱图(MS/MS)下图:(黄色部分为报告基团的峰,因为横坐标比例大,没显示出多条峰)
image007-300x156 (1)
(3)下图为上图的黄色部分报告基团的峰的放大图(横坐标的数量级小,所以显示出多个单峰)

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8.  对质谱仪所得的数据进行生物信息分析,定性和定量研究。

 

信息分析内容

  • 数据产出统计
  • 蛋白质鉴定结果
  • 蛋白质定量结果
  • 蛋白质GO分析
  • 蛋白质COG分析
  • 蛋白质Pathway代谢通路分析
  • 差异蛋白GO富集分析
  • 差异蛋白的Pathway富集分析
  • 重复性分析(仅针对有重复设计的项目)
  • 多样品间表达模式聚类(适用于样本数≥3的项目)

 

邦菲生物也可以根据客户的要求进行个性化定制分析

不同样本类型和数量适合不同分析项目,邦菲将为客户进行一对一的定制服务

分析项目:

 

Data analysis 1

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

转录组联合:

Data analysis 2

 

 

Data analysis 3

 

 

 

 

 

 

 

 

 

详情请咨询400-801-8280或发送邮件至service@bio-fly.com.cn